В настройках справочника "Способы доставки" выберите способ доставки, интегрированный с модулем.
На вкладке "Стоимость" есть поле Ставка НДС.
В зависимости от того, работаете ли с НДС или без, выберите нужное значение.
Эта опция будет учитываться при выгрузке заказа в Почту России.